Нагато был шиноби Деревни Скрытого Дождя и потомком клана Узумаки. Сформировав Акацуки вместе со своими друзьями, такими же сиротами войны, Нагато мечтал принести мир жестокому миру шиноби. Тем не менее, после смерти Яхико, Нагато принял псевдоним Пейн и в партнерстве с Конан стал лидером нового Акацуки: Акацуки, чьей задачей будет насильное установление мира на земле любыми необходимыми методами. После его разговора с Наруто Узумаки, Нагато понял свои ошибки и жертвует собой, воскрешая других шиноби Деревни Скрытого Листа.